Le nom de Danxomè vient sans doute d'une déformation du nom de la capitale Agbomè. Cependant, les Danxomèens lui donnent une origine légendaire.

Au temps du roi Houégbadja vivait un chef et voisin hostile du nom de Dan. Pour l'éliminer, Houégbadja demande, par l'intermédiaire de son fils Houessou, une parcelle de terre, espérant pouvoir le châtier en cas de refus. Dan accepte néanmoins et Houessou construit de nombreuses cases sur ses terres pour sa famille et ses nombreux amis.

N'ayant plus de place, Houessou redemande des terres. Furieux, Dan lui tend un piège le long de la route, mais Houessou, averti par les tam-tams, évite le piège. Houessou furieux, revient demander la terre et Dan lui demande, moqueur, s'il veut construire dans son ventre. Houessou se fâche, tue Dan et, en effet, enfonce dans son ventre un pieu qui doit supporter sa case. Cette maison devient " Dan Xomè ", c'est-à-dire " le ventre de Dan ".