La religion principale du Danxomè est le " vaudoum " qui, en dialecte fon, signifie esprits. C'est le culte des esprits que l'on appelle indifféremment loas, mystères ou zanges. Il désigne les dieux ou les puissances invisibles que les hommes tentent de se concilier individuellement ou collectivement pour s'assurer une vie heureuse. Le vaudoum rassemble plusieurs familles de dieux. Certains jouent un rôle essentiel dans la prévention ou le traitement des maladies.

A ce titre, il recouvre aussi les grandes médecines traditionnelles et les grandes magies exercées par les initiés. Le fétichisme est l'appui mais aussi une modération au pouvoir despotique du Roi.

Les fétiches de la ville sainte de Kana

Les tentatives pour introduire d'autres religions dans le pays ont été très isolées et n'ont pas rencontré un grand succès. Des missionnaires franciscains sont venus à l'époque du Roi Houégbadja mais furent rapidement expulsés. Quinze ans plus tard un dominicain, le père Gonsalvez fut empoisonné avec 2 compagnons. 25 ans plus tard, c'est un Augustinien qui dut fuir pour échapper à la mort. Il ne se produisit plus rien jusqu'au règne de Glèlè où les pères Borghero et Fernandez se sont installés dans la ville de Hogbonou, plus favorable aux étrangers. Aujourd'hui, la seule mission du pays est à Agwe et n'est guère florissante.